光宗早死，王朝又面臨繼嗣問題。皇長子朱由校已16歲，但還沒來得及冊立為太子。一般太子繼位，太子妃隨之轉為皇后，光宗即位時，太子妃郭氏已死，所以最得寵的李選侍便隨他入居乾清宮。李選侍看出光宗不久人世，便把皇長子朱由校拉在身邊，并催皇帝趕快封自己為皇后，但終于未能辦成。光宗駕崩，李選侍把朱由校藏起來，叫內守住大門，不許大臣入內，想借機與大臣討價還價。群臣來哭臨，到宮門被阻，兵部給事中楊漣大喝一聲： “我們是皇帝召來的，皇帝已經駕崩，你們攔在這里，想干什么?” 內侍退縮了，群臣便直入宮中，哭臨已畢，群臣才發現皇儲并未在場，便鬧了起來，有人大叫： “哪個大膽的，敢把新天子藏起來?” 內監王安入內見李選侍，說明了利害，她一松手，王安趕緊搶出皇子。群臣一見，高呼 “萬歲”，七手八腳把皇子扶上轎子，并馬上把他送往慈慶宮。這時，宮內傳出“哥兒回來! 哥兒回來!” 的叫聲，先后沖出三批太監來搶皇子，都被大臣擋回。朱由校來到東宮，被冊立為太子，大家商定把李選侍趕走后，在九月初六日行即位禮。實際上，朱由校并不是李選侍的親子，其生母王選侍就是被李氏毆打后病死的，所以他也不愿回到李氏身邊。于是群臣紛紛上疏要求李氏搬出乾清宮，其中御史左光斗的言論最為激烈，斥責李氏想學武則天。但李氏仍在拖延，至九月五日，乾清宮還沒騰空，第二天就是即位大禮了，群臣積憤已極，在宮前叫嚷，喧聲達于宮廷深處，李選侍被嚇住了，只好趕快搬出。由于搬遷太匆忙，內侍乘機偷盜，懷揣沉重的金寶走出，有的在宮外摔倒，金銀撒了一地。新帝非常憤怒，懲處了一批內侍，又牽連到李氏。此案和梃擊、紅丸合稱明末三案。