張居正的改革，建立在集中的相權之上，而他的權威又建立在皇室的信任之上，但皇家的情誼不同于世俗的友誼，并沒有永久性。神宗是一生性聰明的少年，在母親、馮大伴、張先生的嚴厲管束下，他顯得儒雅、懂禮教，但在聽話的外表下卻是一顆高傲的心，他的血管里流著祖父世宗的血，在委曲求全的背后便是伺機報復了。張居正當眾斥責他，當時隱忍了，但這恥辱是忘不了的，煩悶無處可發，就對那些無力反抗的人發泄。神宗10歲時，曾因御史疏中有 “唐高不君，則天為虐” 之語大怒，執意將這御史貶為庶民。12歲時，言官彈劾內監醉酒放肆，他認為這是朝臣干涉宮內之事，勃然大怒。隨著年紀的增長，皇帝和張居正的矛盾更日益加深，但多年的師道尊嚴起著作用，關系還相當親密。一次日講，年輕的皇帝說： “先生功大，朕無可為酬，只是看顧先生子孫便了。” 張先生自然感激涕零。萬歷十年六月，張居正病重身亡，終年57歲。自此，神宗才真正親政，他首先要做的便是清除張居正的影響，他一直對馮保的管制耿耿于懷，又聽說馮家財富勝過皇上，便突然逮捕了馮保，抄得金銀100余萬，貪財的皇帝初次嘗到查抄的甜頭。倒張勢力接二連三上疏，在他們的描繪下，張先生的形象逐漸變得虛偽陰險，罪名有欺君害民，受賄賣官，甚至任用戚繼光等武將，也成了居心叵測，妄圖謀反，神宗看了又失望又氣憤。萬歷十一年，張居正的官階、謚號等一律作廢，十二年，張家被查抄，其長子自殺，家人死數十口，他所提倡的改革方案也相繼推翻。當時人于慎行悲憤地說：“當其柄政時，舉朝爭頌其功而不敢言其過，今日既敗，舉朝爭索其罪不敢言其達，皆非實情。”從此，朝政又陷于無是非的紛爭與腐敗之中。