圍繞國本之爭，朝臣分成了若干派別，互相攻擊，勢同水火。以閣臣沈一貫為首的浙黨，掌握了朝中大權，其他齊黨、楚黨、宣黨和昆黨皆附其后，形成一派; 另一派便是代表在野士人的東林黨。東林黨的興起與顧憲成有關。顧憲成，字叔時，無錫人，曾為應天鄉試第一名。入仕后，因敢言直諫不為官場所容，仕途頗為不順。其實在爭國本問題上，兩派沒有根本分歧，都主張冊立太子，但當權的閣臣為了保住自己的位子，不想過分催逼，認為多言為無事生非; 而顧憲成等人忠言直諫，力請不已，進而指責當權者迎合鄭貴妃，兩派便吵起來了。閣臣王錫爵憤憤地說： “當今最奇怪的，便是朝廷有什么決定，天下必然反對。”吏部文選郎中顧憲成針鋒相對地說： “在我看來，是天下有什么意見，朝廷必然反對。” 兩派的口頭論辯，發展到互相貶逐。萬歷二十二年，顧憲成因推舉閣臣之事罷官回家。無錫城東有東林書院舊址，顧憲成與弟弟允誠等倡議修復，然后招來志同道合者在此講學，隱退林下的士大夫都慕名遠來，一時人多得學舍也容納不下了。書院掛著一副對聯，上書： “風聲雨聲讀書聲，聲聲入耳; 家事國事天下事，事事關心。” 這便是東林書院的宗旨。顧憲成激昂慷慨地說：“官輦轂，志不在君父;官封疆，志不在民生;居水邊林下，志不在世道，君子無取焉。”傳統儒士以天下為己任的精神，在他們身上得到集中體現。這些對現實不滿的士人聚在一起，每年一大會，每月一小會，借講學諷刺朝政，評論人物，無所顧忌，儼然成為輿論中心。部分朝臣把這種清議作為是非的標準，這些人便被稱為東林黨。東林黨人的骨干分子較重名節，由于受壓制，往往以為民請命相號召，具有一定的正義感和政治改革要求。