國家機器轉了起來，張居正就要推行他多年考慮的改革方針了。只說不做的儒生又說風涼話了： “我們以為張公在朝，當行帝之道，現在看他的議論，不過是富國強兵，僅僅是這樣，真真使人失望。” 居正置之一笑，說： “這太客氣了，我怎能使國富兵強呢?” 張居正改革的目的恰恰就是富國強兵。富國之策無非開源與節流兩個方法。在節流方面，他可真是錙銖必較，裁去大批冗官。為了省費，邊軍屬吏請賞，他也要削減。禮部、翰林院開館修 《穆宗實錄》，照例要設宴招待。居正認為： “一宴之資，動至數百金，省此一事，亦未必非節財之道。” 前后革去此類舊例不可勝數。明初驛站只接待出公差的官員，后來官吏因私旅行及家屬皆濫用，使驛站之費難以支付。這時，張居正下令整頓。節省一直落實到皇宮的廚房，宮內的元夕燈火停止了，皇帝賜給宮女的珠寶往往要減省一部分，當皇帝要錢時，內閣總要設法削減一些。開源主要靠清理國家稅收，方法是清丈田地和實行一條鞭法。清丈田地的目的是要查出豪強勢家隱占的土地。當時全國納稅的土地畝數已較明初大為減少，這明顯是大戶隱逃的結果，正如民謠所唱：“富家得田貧納租，年年舊租結新債。”清丈就以原土地額為標準，原額不失就不必查，原額缺失就要進行丈量，結果查出300萬頃土地。萬歷九年，在全國推行一條鞭法。這種方法是將以往名目繁多的各種差役及土貢方物合并，一律征銀，役銀按丁數和畝數攤派，取消力役，由政府雇人。改變以往田賦征收實物的方法，除供應宮廷食用米的漕糧地區外，其余地區的田賦折實物為銀子征收，賦銀由地方官直接征收。經濟改革的結果，使國家財政大為好轉，太倉積粟可支用10年，國庫的銀子多達400萬兩。