清入關(guān)前，達(dá)賴?yán)锞团c皇太極有聯(lián)系。順治九年(1652年)，五世達(dá)賴曾進(jìn)京朝見順治皇帝，清廷賜金冊(cè)金印，敕封“西天大善自在佛，領(lǐng)天下釋教普通鄂濟(jì)達(dá)賴?yán)铩薄５磩?dòng)農(nóng)奴主第巴桑結(jié)等，表面歸附清廷，暗中卻與噶爾丹勾結(jié)。五世達(dá)賴去世后，第巴桑結(jié)秘不發(fā)喪，于康熙四十四年(1705年)謀害擁護(hù)中央政府拉薩汗未逞，第巴桑結(jié)反被拉薩汗殺掉。康熙五十五年(1716年)，西藏叛亂分子勾結(jié)準(zhǔn)噶爾叛軍殺害拉薩汗。清軍入藏?fù)魯?zhǔn)噶爾叛軍，命康濟(jì)鼐和頗羅鼐二人分理前后藏事務(wù)。雍正五年(1727年)，設(shè)駐前后藏兩大臣，監(jiān)督西藏事務(wù)。乾隆十五年(1750年)，藏王朱爾墨特勾結(jié)準(zhǔn)噶爾叛軍又進(jìn)行叛亂。這次叛亂被鎮(zhèn)壓下去后，清政府廢止了藏王制，在達(dá)賴下面設(shè)噶廈，由四噶布倫分理西藏政務(wù)，清朝派兵入藏，在阿克賽欽、日土宗等地設(shè)卡倫(邊卡)。

乾隆五十六年(1791年)，廓爾喀(尼泊爾)在英國(guó)殖民者唆使下侵略西藏，進(jìn)犯日喀則，掠劫扎什倫布寺，清政府派大將軍福康安率滿、漢、藏、索倫等族萬余人打敗了入侵的廓爾喀軍。

此后，清政府對(duì)西藏的政治、經(jīng)濟(jì)、軍事等方面進(jìn)行了重大改革。乾隆五十八年 (1793年) 頒布《欽定西藏章程》，規(guī)定駐藏大臣督辦藏內(nèi)事務(wù)，其地位與達(dá)賴、班禪平等，自噶布倫以下各級(jí)地方官員及管事喇嘛，都屬駐藏大臣管轄。達(dá)賴、班禪以及其他大小呼圖克圖 “靈童” 轉(zhuǎn)世時(shí)的 “金本巴瓶掣簽” 儀式，也要由駐藏大臣親臨監(jiān)視，然后呈請(qǐng)中央政府批準(zhǔn)方才有效。其它如財(cái)政收支、對(duì)外事務(wù)、春秋巡視國(guó)境也都由駐藏大臣經(jīng)管。駐藏大臣又整頓了地方軍事組織，鑄造西藏地方銀幣。通過這些措施加強(qiáng)了中央政府對(duì)西藏的管理。