清朝軍事建制主要分八旗和綠營(yíng)二種。八旗又分為滿洲八旗、蒙古八旗、漢軍八旗。旗設(shè)都統(tǒng) (固山額真)，由中央八旗都統(tǒng)衙門掌握，地方督撫都無權(quán)征調(diào)。八旗軍分為守衛(wèi)京師的“禁衛(wèi)兵” (京營(yíng)兵) 和駐防各地的 “駐防兵”。“禁衛(wèi)兵” 又分為“郎衛(wèi)” 和 “兵衛(wèi)”。“郎衛(wèi)” 選上三旗 (正黃、鑲黃、正藍(lán)) 中才武出眾者組成，分班入值禁中，由領(lǐng)侍衛(wèi)府統(tǒng)領(lǐng)。“兵衛(wèi)” 建制有： 八旗驍騎營(yíng)、八旗前鋒營(yíng)、八旗護(hù)軍營(yíng)、八旗步軍營(yíng) (由綠旗兵組成的五城巡捕營(yíng)亦附屬之)、內(nèi)府三旗 (上三旗)、火器營(yíng)、健銳營(yíng)、虎槍營(yíng)。“駐防兵” 則根據(jù)駐防地的輕重，確定駐兵人數(shù)之多寡。從省會(huì)以下至各城鎮(zhèn)要地，分別設(shè)將軍、都統(tǒng)、副都統(tǒng)、城守衛(wèi)、防守衛(wèi)等職。

綠營(yíng)兵主要是入關(guān)后收編的明降軍和各省改編的部隊(duì)，用綠色軍旗。兵種有馬兵、步兵和水師。在京師者為巡捕營(yíng)，隸屬步軍統(tǒng)領(lǐng)。在各省者，有督、撫、提、鎮(zhèn)諸標(biāo)，分別由總督、巡撫、提督、總兵所統(tǒng)轄 (撫、提、鎮(zhèn)諸標(biāo)，皆受總督節(jié)制)。標(biāo)下設(shè)協(xié)，由副將統(tǒng)領(lǐng)。協(xié)下設(shè)營(yíng)，由參將、游擊、都司、守備統(tǒng)領(lǐng)。營(yíng)下設(shè)汛，由千總、把總分別統(tǒng)領(lǐng)。另外，還有軍標(biāo) (設(shè)在四川、新疆，由將軍統(tǒng)轄)、河標(biāo) (河道總督統(tǒng)轄)、漕標(biāo) (漕運(yùn)總督統(tǒng)轄) 等。

為加強(qiáng)鎮(zhèn)壓職能，除八旗軍分駐京城和各省城鎮(zhèn)重地外，綠營(yíng)兵也配合駐防，二者互相交錯(cuò)，既便于對(duì)各族人民鎮(zhèn)壓，又便于八旗軍對(duì)綠營(yíng)兵的監(jiān)視和控制。

清朝駐防各地的軍隊(duì)，常常為非作歹，擾害人民，給地方帶來不少禍害。