張獻忠雖然在成都建立了大西政權，但他面臨的敵人不僅是清軍，更有明朝在四川的殘余勢力，如： 王應熊及王祥在遵義，馬乾、曾英在重慶，范文光、曹勛在洪雅，詹天顏在松茂，譚宏、譚詣在夔萬，樊一蘅在納溪。這些明殘余勢力雖結寨自保，但也時時窺測時機，向大西軍進攻，對大西政權派往各地的官員，或暗殺，或明殺，十分殘忍，甚至在一縣之內，三四個月就有10余個縣官被殺。官僚地主階級反攻倒算加上清統治者派肅親王豪格和吳三桂南下漢中，準備進川，迫使張獻忠不得不考慮新的戰略。

順治三年 (1646年) 夏，張獻忠決定撤出成都，北上西安，再求發展。臨行盡焚成都宮殿，以示一無反顧之心，指定孫可望、李定國等四將軍組成一個二線領導集團，以備不測。

這時，大西軍共有五六十萬，沿途旌旗蔽野，浩浩蕩蕩，十二月進抵西充的鳳凰山。叛徒劉進忠在這時背叛了農民軍，帶一支隊伍投降清軍，并為清軍帶路。一天，劉進忠帶清兵到了鳳凰坡附近，正遇天下大霧，張獻忠起早出發，突然遇上劉進忠和清兵，清兵一齊發箭，正中張獻忠頭部，張獻忠墜下戰馬，爬到一柴垛中隱藏，結果被發現，捉住斬首。

張獻忠犧牲后，豪格分兵四出追擊，大西軍損失二三十萬人。此時第二線領導當機立斷，改變北進方針，轉而南下，由順慶出發，一晝夜驅馳數百里，從而保存了大西軍的一部分力量。