萬歷初張居正改革使明帝國一度出現(xiàn)國富兵強的景象，但張居正一死，改革成果便付之東流，好不容易積蓄起的財富，又揮霍一空，各種矛盾趨于激化，社會秩序又動蕩起來，各地兵變民亂頻發(fā)，邊疆的少數(shù)民族暴動也時常發(fā)生，一旦有事，朝無可用之人，國無可用之錢，以至大學士朱賡對皇帝說： “每接郵筒，惟恐邊腹告急，以至不敢看。” 統(tǒng)治者已惶惶不可終日。萬歷二十年，寧夏哱拜起兵叛亂。哱拜原為蒙古韃靼人，在韃靼內(nèi)爭時，其父兄皆被殺，哱拜幸免，便投靠了明朝邊將。哱拜驍勇善戰(zhàn)，屢立戰(zhàn)功，后提升為參將，獨率一軍，他年老退休后，其子承恩襲軍職，在沿邊享有很高威望。哱拜父子率部參與了明朝的抵御蒙古各部的戰(zhàn)事，發(fā)現(xiàn)明軍皆不如己部強悍，加上巡撫不肯為其報功，還要治冒領糧餉之罪，便悍然起兵叛亂。他們殺了地方官，很快占領了河西四十七堡，想在寧夏建立割據(jù)政權。朝廷從各地調(diào)來大批軍隊和火器，包圍了寧廈城，但經(jīng)六月仍攻不下，城中糧盡，又決黃河水淹城，最后施離間計，使叛軍自相殘殺，方才攻入城中。北方的叛亂剛平，南方的戰(zhàn)火又起，播州土司楊應龍叛亂了。播州即今貴州遵義地區(qū)，從唐朝以來就由楊氏統(tǒng)治，至楊應龍傳為29世，明初以來沿用前代的土司制，任楊氏為播州宣慰使，楊氏不但管理民政，還有自己的軍隊，通過朝貢受中央政府管轄。隨著明朝衰落，楊應龍日益不服朝廷指揮。萬歷二十一年，明軍三路進攻，在婁山關大敗。后明政府忙于援朝抗倭，對楊應龍實行招撫，他便乘機擴張勢力，二十七年攻陷川東重鎮(zhèn)綦江。明政府調(diào)集24萬大軍分八路進攻，才將叛亂平定下去。援朝戰(zhàn)爭、平定哱拜及播州之役合稱為“萬歷三大征”，國力從此更為衰敗。