鄭芝龍是福建南安縣人，明末入海為盜，與倭寇聯(lián)合，娶日本人田川氏為妻，生子成功，居于臺灣。后來，荷蘭殖民者驅(qū)逐了日本人，鄭芝龍率其部眾活動于福建沿海一帶的島嶼間，崇禎初年受招撫，回到故里南安石井村 (又稱東石村、延平村)。其宅第縱橫數(shù)里，為八閩之首富。

南安惠安縣還有兩個有勢力的海盜： 一個叫茍憨，一個叫劉香。茍憨不久死去，劉香拒不受撫。明朝命鄭芝龍征討劉香，交戰(zhàn)于五虎門外，鄭芝龍弟鄭芝虎與劉香在鏖戰(zhàn)中雙雙戰(zhàn)死，鄭芝龍將劉香的部眾盡并為自己的部下，儼然成為福建省的主宰。后因閩、浙大旱，鄭芝龍以巨船載饑民數(shù)萬人，移駐臺灣。饑民到臺灣后，鄭芝龍發(fā)給每人三金一牛，使之開發(fā)荒島。臺灣島土地肥美，一歲三獲，收成甚好。于是福建百姓紛紛渡海到臺灣謀生，聚集而成村落、城鎮(zhèn)。

這時的荷蘭殖民者2000余人只住城內(nèi)，廣大農(nóng)民以衣食之余向鄭芝龍納稅，而與荷蘭殖民者只有交易，而無隸屬關(guān)系。鄭芝龍的勢力遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過荷蘭殖民者。

弘光政權(quán)建立后，有鑒于鄭芝龍在臺灣、福建的實力，故晉封他為南安伯，不久又改為總鎮(zhèn)，鎮(zhèn)守福建。又以其弟鄭鴻逵為總兵官，率水軍駐守鎮(zhèn)江，后清軍以計攻占鎮(zhèn)江，鄭鴻逵又逃回福建。總之，在清初，鄭芝龍成為東南沿海最有實力的一個地方軍閥。