順治十年 (1653年) 哈巴羅夫逃回莫斯科后，他的部下斯捷潘諾夫繼續進行侵略活動，后被清軍擊斃，清政府于順治十六年 (1659年) 收復了雅克薩，拆除了沙俄軍隊修筑的堡砦。康熙四年 (1665年)，另一伙又侵占了雅克薩，清政府多次向俄政府抗議，遭到拒絕。康熙二十年 (1681年) 清政府平定 “三藩”后，集中力量反擊沙皇侵略，首先決定進攻雅克薩。康熙二十二年 (1683年)，任命薩布素為黑龍江將軍，坐鎮璦琿指揮戰斗。

中國政府在攻打雅克薩之前，曾照會沙皇政府，希望和平解決，不但遭到拒絕，沙俄政府反而加緊筑工事，趕造戰船。

康熙二十四年 (1685年) 二月，下令由都統彭春、副都統郎談、黑龍江將軍薩布素統軍3000，分水、陸進攻雅克薩。六月二十三日清軍抵雅克薩城下，當即向沙俄統領托爾布津發出警告，沙俄軍拒絕和平解決。二十四日清軍開始攻城，二十五日沙俄軍另一支援軍從黑龍江上游乘木筏增援，中途被全殲。二十六日黎明，清軍炮火齊發，托爾布津走投無路，只好投降。彭春給以寬大，讓他攜帶財物和隨身武器返回尼布楚，清軍平毀雅克薩后，回璦琿城駐地。

但清軍撤離不久，托爾布津又返回雅克薩。康熙二十五年(1686年) 康熙帝再下令討伐，七月十八日，2000清軍再抵雅克薩城下，經過幾個月激烈戰斗，托爾布津被擊斃，在攻城指日可下時，沙俄政府被迫接受清政府關于邊界和談條件，清政府下令解除雅克薩的包圍。

在雅克薩之戰中，各族百姓為清軍偵察、運送糧食、彈藥，甚至直接參戰，起了重要作用。