鄭成功死后，其子鄭經繼續統治臺灣。

這時的形勢已發生變化，滿漢的民族矛盾相對緩和，統一與分裂上升為新的主要矛盾。鄭經仍以南明為正統，失去了原來抗清斗爭的意義。鄭經與其叔父鄭襲發生火并，派系之爭嚴重，政治上走下坡路，在“三藩”叛亂時，鄭經一會兒支持耿精忠，一會兒又與耿精忠反目，軍事上失去方向，再也提不出有號召力的政治主張。鄭經死后，其長子鄭克��監國，因諸弟爭位而生內訌。 鄭經部將馮錫范殺克��，立克塽為傀儡。 臺灣統治集團分崩離析，腐朽不堪。鄭克塽又企圖使臺灣成為一個半歸附半獨立的國家。

對臺灣取何種態度，也是清政府反復爭論的一個問題，以鰲拜為首的保守勢力極力壓制進取臺灣的主張。但是康熙皇帝一直主張進取臺灣，在平定 “三藩” 之后，啟用主張統一臺灣的姚啟圣為福建總督，施瑯為福建水師提督，籌劃進取臺灣。

施瑯主張先取澎湖，以扼臺灣之吭，得到康熙皇帝的支持。施瑯率戰船300，水師2萬，經7天戰斗，占領澎湖。

清軍占澎湖，鄭克塽極為震恐，便于康熙二十二年 (1683年) 率眾出降。

收復臺灣后，又有人主張放棄之，康熙皇帝支持施瑯堅守臺灣、開發臺灣的主張，于康熙二十三年 (1684年) 在臺灣設一府三縣： 臺灣府和臺灣、鳳山、諸羅三縣，隸福建省。并在臺灣設總兵1員，副將2員，駐兵8000，分水陸8營。于澎湖設副將1員，駐兵2000，分為2營。

自古以來就是祖國不可分割的領土臺灣，至此又重新統一于清朝中央政府的管轄之下了。