張獻忠犧牲后，大西軍仍然有強大的戰斗力。不過，所面臨的敵人也更強大，一方面，清肅親王豪格分兵四出追擊; 另一方面，明在西南的殘余勢力繼續與農民軍為敵，總兵官曾英屯駐重慶有20萬人，楊展糾合幾十萬人駐扎嘉定，朱化龍擁兵茂州，曹勛據大渡河所，趙榮貴屯兵耒歸，巡撫馬乾以3萬人屯兵內江，總督樊一蘅領副將侯天錫駐瀘州，衛副總兵屠龍屯兵納溪。等等。這些勢力把大西軍視為仇敵，結成一股相當強大的反動勢力。

張獻忠余部孫可望、李定國在豪格突進四川后，當機立斷，改變軍事路線，由順慶南下，一晝夜驅馳數百里，取得了渠河戰役的勝利，接著又以無比的勇氣，強渡長江天險，射死總兵官曾英，殲滅前來堵截的20萬殘明軍隊，一舉占領重慶，并乘勝打下綦江，從而獲得了休整和收集亡散的時機。

大西軍新的領導集體在綦江發布了著名的 “綦江文告”。文告高度評價了20年間農民斗爭的正義性質，緬懷張獻忠的功績，慟悼自己領袖的不幸犧牲，號召全軍團結一致，繼續戰斗，以完成張獻忠的未竟大業。文告傳諭之后，歡聲滿營，軍士帖然，顯示了這支農民軍繼續抗清的決心。

之后，大西軍便在孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇等率領下，在川南、云、貴一帶，深入少數民族地區，團結各族人民斗爭，由于大西軍紀律嚴明，得到少數民族的擁護，他們踴躍參軍，英勇戰斗。李定國所率之兵，就有一半為少數民族。