當清兵到達南京城郊之時，福王已逃走3天了。

腐朽的弘光小朝廷內，除了一部分人尚保有民族氣節，以死殉節外，一些重臣勛戚紛紛跪地向清兵投降，重要的降臣有： 總督京營忻城伯趙之龍，魏國公徐允爵，駙馬都督齊贊元，靈璧侯湯國祚，安遠侯柳祚昌，大學士王鐸，禮部尚書錢謙益。四鎮的將領高杰之子高元爵、廣昌伯劉良佐也在清軍進攻的途中歸附于清軍。清軍就是這樣順順當當占領了南京。北京、南京被清軍占領，都是這樣不費吹灰之力，可見明朝腐朽已極。

清兵既定南京，派兵在降將劉良佐的引導下，向蕪湖進攻。福王欲上船逃走，被清兵截住。黃得功奮力抗擊，臂部不幸中箭，但他用帛裹住傷處，登上小船，繼續指揮作戰。叛將劉良佐向他招降，黃得功怒斥叛徒。這時又一支飛箭射中黃得功左喉，他知大勢已難挽回，拔下箭，自刺而死，死得壯烈。

另一將領田雄，挾持福王投降了清兵。清兵押著福王回到南京。百姓見到福王 “夾道唾罵，甚有投瓦礫者”。

多鐸在一片勝利聲中進入南京，弘光政權那些降臣，冒滂沱大雨，一任衣冠淋漓，長跪道旁迎接。

多鐸于是任命江寧、安慶巡撫以下降官373人，又改南京為江寧府，派八旗兵鎮守。

從此，清兵以南京為中心，繼續向南推進，掃蕩各地的抗清武裝和明朝殘余勢力。