清兵在揚州屠城十日后，于五月抵長江北岸，與南岸的鎮江隔水相望。南明鎮江總兵鄭鴻逵以水師扼江而守。

清軍要強渡，必損失嚴重而難以奏效，于是采取了以大船虛張聲勢，以暗兵乘霧偷渡的辦法。當時，清軍在大船上特意大放燈火，在夜深人靜時駛入江中，鄭鴻逵令明軍發炮轟擊，大船皆沉入水中，鄭鴻逵高興非常，以為大勝，向福王連章告捷。

但是，明軍高興太早了。正當朝野上下一片歡慶聲時，清兵在大霧的掩護下，已偷渡到了南岸。先頭部隊是數百騎兵，占據高地鳴螺號，搖軍旗。明軍始知上當，倉促列陣于甘露寺，可是已經晚了。大隊清軍紛紛上了南岸，明軍只有招架之功而無還手之力。鄭鴻逵也就逃往福建去了。

清軍既下鎮江，直奔南京，福王夜宴聞之，跨馬自通濟門奔太平，再奔蕪湖。馬士英也顧不得福王，在衛兵的護衛下，挾帝母妃子逃往浙江。

這時守衛蕪湖的明將是黃得功，見福王突然出現，不禁大驚，哭訴著說： “陛下死守京城，臣等尤可盡力，奈何聽奸人之言，倉促至此?且臣等正對敵作戰。如何扈駕?!”福王說： “非你不可了。我再無所依仗了。”黃得功流著眼淚說： “只好以死扈駕了。”

馬士英、阮大鋮先后逃到杭州，后來，馬士英被清軍捉住殺死，阮大鋮投降清軍，不久也死于陣中。