山東的農民起義在明末就已蓬勃發展起來。順治元年 (1644年) 九月間，李自成西撤，而闖王旗幟仍飄揚在山東各地。兗、沂、鄒、滕廣大地區的農民軍，成為截擊清軍南下的重要力量。兗、沂所屬州邑，農民抗清隊伍達數十支，最大一支達幾萬人，如滿家洞農民軍在二三百方圓的地區，聚集數萬之眾，他們建營寨，攻城池，各種兵械，無不具備，旗幟上大書 “闖” 字，官兵望風而走。鄒、滕一帶農民軍也有數十支，其中滕嶧農民軍，能主動團結其它起義隊伍，以蒼山、花盤山、抱犢崗一帶為抗清基地，堅持抗清達八、九年之久。

山東半島的登、萊、青三府農民群起抗清，順治元年 (1644年) 秋，在青州殺死清朝的招撫使。這些抗清的民眾，聲勢浩大，有的稱山東提調總鎮，有的稱總兵大元帥。順治三年 (1646年) 八月，農民起義軍攻克高宛、長山、新城等縣。魯西曹州一帶的榆園農民軍，曾是一支堅持反抗明朝的隊伍，清軍占領北京后，他們根據變化了的斗爭形勢，改為抗清斗爭。李自成殉難后，他們執行廣泛聯合各階層抗清勢力的政策，數日之內，襲陷四城，聚眾達數十萬，在冀、魯、豫交界處，形成為抗清的中心。

在河南的大順軍，當李自成西撤以后，仍有2萬余人，他們渡黃河向北攻擊懷慶、衛輝，推動了新鄉、原武等地農民的抗清斗爭，與河北、山東的起義軍聯成一片，牽制著清軍南下。