清代對東北三省、新疆、蒙古、西藏、青海及云南、貴州、四川、廣西等土司地區，設特別行政區，采取與內地不同的行政管理辦法。除中央設理藩院專管各少數民族地區的政務外，又在蒙古、新疆、西藏等地設立將軍、參贊大臣、駐藏大臣、辦事大臣，專掌各該地區的軍政大權。這些大臣都是皇帝的特派員，直接聽命于皇帝。一般的行政事務，都由各族上層統治者具體處理。如蒙古地區的大小“札薩克”，維族地區的大小 “伯克”，藏族地區的 “噶廈” 官員和喇嘛等。但凡重大事務，都要與中央派去的將軍、大臣共同商議，官職也都要中央任命。

清廷對祖宗發祥地東北地區，其管理機構與其它省區也不相同。清朝遷都北京后，在盛京設內大臣一人，副都統二人。順治三年 (1646年) 改內大臣為昂邦章京，給鎮守總管印。康熙元年 (1662年) 改昂邦章京為鎮守遼東等地方將軍。四年 (1665年) 改為鎮守奉天等處地方將軍。從順治十五年 (1658年) 到康熙三十年 (1691年) 間，陸續設立禮、戶、工、刑、兵五部(吏部事權統歸中央)，每部置侍郎一人為長官。順治十四年(1657年)，在盛京轄區設奉天府，置府尹、府丞各一人，主管民政。順治十年 (1654年) 增置寧古塔昂邦章京及副都統二員，統轄吉林、黑龍江地區。康熙元年 (1662年)，改為寧古塔將軍。康熙二十二年 (1683年)，為抗擊沙俄侵略的需要，又析設黑龍江將軍 (康熙三十八年移住齊齊哈爾)，管理黑龍江地區。