大西軍建立了以昆明為中心的西南抗清根據(jù)地后，孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇一同稱王，以孫可望為首領(lǐng)，設(shè)六卿，以干支紀(jì)年，以 “興朝” 為年號，大力整頓地方，建立政權(quán)機(jī)構(gòu)，嚴(yán)保甲、定丁賦、榷鹽稅、鑄錢幣、造兵器，對農(nóng)民軍家屬進(jìn)行妥善安排，給以照顧。軍隊(duì)紀(jì)律嚴(yán)明，兵馬三日一小操，五日一大操，凡發(fā)兵出剿，所到之處，雞犬不驚。大西軍還注意發(fā)展生產(chǎn)，興修水利，開展 “打糧運(yùn)動”，強(qiáng)制糧商富戶繳出囤積的糧食以充軍糧和救濟(jì)糧，出現(xiàn)了 “百姓樂業(yè)” 足兵足食、“若不知有交兵” 的大好形勢。

在這種情況下，大西軍經(jīng)過慎重醞釀，于順治六年 (1649年) 提出與永歷小朝廷實(shí)行“聯(lián)合抗清” 的策略。這一策略的轉(zhuǎn)變反映了農(nóng)民軍的高瞻遠(yuǎn)矚。

永歷小朝廷對大西軍的態(tài)度則分成兩派。一派反對，一派同意。談判拖延了一年多。最后，大西軍派武裝進(jìn)入南寧，把反對派主要分子抓起來處死。這時(shí)，清軍進(jìn)攻加緊，沒有大西軍的保護(hù)，永歷政權(quán)便無法生存下去，因而被迫與大西軍“聯(lián)合抗清”“合師北拒”。

大西軍與永歷朝廷聯(lián)合后，放開手腳進(jìn)行北伐。把吳三桂幾乎捉住，把孔有德逼進(jìn)桂林，走投無路，自焚而死。清朝派敬謹(jǐn)親王尼堪率10萬余人直撲長沙，大西軍有計(jì)劃撤離長沙，在衡州設(shè)伏，陣斬尼堪。桂林、衡州兩次戰(zhàn)役，使天下大震，清統(tǒng)治者甚至要放棄川、滇、黔、粵、桂、贛、湘七省了。