大西軍連獲大捷，收復(fù)大片土地，出現(xiàn)了很好的抗清形勢(shì)。但永歷朝廷內(nèi)的官僚，本來(lái)與大西軍聯(lián)合就三心二意，害怕大西軍威望的提高，因而開始破壞大西軍內(nèi)部的團(tuán)結(jié)。

孫可望這時(shí)也極力想稱帝，害怕李定國(guó)軍功太大，甚至在桂林大捷后，假借約李定國(guó)到沅州議事而殺害李定國(guó)，李定國(guó)為避免與孫可望發(fā)生沖突，放棄湖南，退往廣西、廣東，并致書孫可望“不宜妄聽讒言，自相殘害，以敗壞國(guó)家”，湖南大片土地重入清軍之手。

李定國(guó)退到廣東后，想同鄭成功的軍隊(duì)會(huì)師，但鄭成功的水師一再誤期，使會(huì)師計(jì)劃破產(chǎn)。這時(shí)大西軍中瘟疫流行，死病枕籍，在與清兵戰(zhàn)斗時(shí)，接連失敗，只好又退回南寧。

這時(shí)，清統(tǒng)治者任用頗富經(jīng)驗(yàn)的漢奸洪承疇經(jīng)略湘、粵、贛、滇、黔、桂等華南和大西南地區(qū)。洪承疇坐鎮(zhèn)長(zhǎng)沙，利用孫、李矛盾集中攻打李定國(guó)，而孫可望這時(shí)卻仍然把精力用在打內(nèi)戰(zhàn)上，阻扼李定國(guó)的后路甚至最后降清，卻死在清兵箭下。

李定國(guó)也滋長(zhǎng)了麻痹思想，失掉許多戰(zhàn)機(jī)。

順治十五年末 (1659年初)，李定國(guó)退回昆明，清軍則多路來(lái)攻，永歷朝廷惶惶不安。李定國(guó)退到滇西，準(zhǔn)備在磨盤山 (馬龍縣西北)設(shè)伏殲敵，不幸消息走漏，而歸于失敗。李定國(guó)在滇緬邊界堅(jiān)持抗清，一直堅(jiān)持到康熙元年(1662年)，在人馬多病死、永歷帝被俘絞死的情況下，他也一病不起，于八月十日病故。

李定國(guó)死后，大西軍剩下的數(shù)千農(nóng)民戰(zhàn)士，遵李定國(guó)遺囑，寧死荒外，拒不投降，致使西南地區(qū)反清斗爭(zhēng)此起彼伏，延續(xù)很長(zhǎng)時(shí)間。