臺灣既平，康熙皇帝欲周知全國土俗民情，又因黃河頻繁決口，社會十分動蕩，決定親自視河，訪察江南，便于康熙二十三年(1684年)九月，自北京出發，十月到達濟南府、泰安州，登泰山，至郯城。河道總督靳輔受到皇帝的接見，康熙皇帝對靳輔說： “黃河屢次決口，久為民害，朕欲親至其地，視察形勢，察看河堤的修筑情況，馬上就去。” 于是在靳輔的陪同下，康熙皇帝到了黃河北岸，檢閱河工及各險要地段，下令于黃河兩岸增設堤防。又到清河，檢察天妃水閘。康熙皇帝見此處水勢湍急，下令改為草壩，另設七里、太平二閘以分水勢。

十一月，康熙到了江寧 (今南京)，登雨花臺，拜謁明太祖朱元璋之陵墓，經過明故宮時，慨然長嘆。

然后由江寧返回北京，在經過清口時，又檢查了黃河南岸的險要地段。

康熙皇帝一生，六次南巡，往返供應主要由國庫開銷，沿途行宮不設彩帳，比較儉樸。

康熙南巡的目的是調查研究，特別是為了視察治河工程和收攏南方的民心。作為一個封建皇帝，他的這一作為是極為可貴的。他的后代，如乾隆皇帝也繼承了這一傳統。不過，乾隆皇帝下江南已有更多游山玩水的成分，往來也大講排場，擾害地方，大不如其先輩了。