李自成退兵西安以后，制定了南取漢中、西征甘肅、攻克蘭州、確保關中、以關中作為抗清基地的戰略計劃。

但是，這時李自成的大順軍面臨的敵人是兵強馬壯、士氣正旺的清軍和明的殘余勢力兩股力量，農民軍雖作了很大努力，多次挫敗敵人的進攻，由于勢力的懸殊，終難挽回大局。這時，原占領區的農民政權沒有大力進行鞏固，地主階級配合清軍紛紛反攻倒算，使大順軍失去了鞏固的后方。此時大順軍領導集團內部在嚴峻的形勢下卻未能很好地團結，李巖自請領兵2萬，往河南去鎮壓地主武裝叛亂，反遭李自成的懷疑，牛金星等趁機挑撥是非，向李自成進讒言，使李自成錯誤地殺害了李巖及其弟李牟，這樣一來等于自毀長城。

順治元年(1644年)末，順治帝于北京即位后，馬不停蹄分兩路全力以赴向李自成進攻。一路以阿濟格為靖遠大將軍，率吳三桂、尚可喜等滿、蒙、漢軍隊由大同向榆林、延安進軍，而后南下西安; 一路由多鐸率領孔有德、耿仲明等，從河南懷慶直取潼關，然后與阿濟格會師西安。當多鐸進逼潼關時，李自成親自到前線指揮，與清軍相持一個多月，最后寡不敵眾而失守潼關。農民軍的李過、郝搖旗也敵不住阿濟格的北線進攻，敗退下來。順治二年 (1645年) 二月九日，李自成自動放棄西安，退入當年戰斗過的商洛山區，四月間又轉戰到湖北，進入襄陽，占領了武昌，并立住腳跟，建官設制，鑄永昌錢幣，計劃沿江東下，在東南地區建立基地。五月底，正當李自成準備出發時，清軍分水陸兩路突然襲來，李自成倉促逃至通山縣的九宮山，六月間，李自成率20輕騎探路，遭地主武裝襲擊，不幸殉難，時年39歲。