努爾哈赤回沈陽不久，便郁郁而死，皇太極繼承了汗位。袁崇煥因功升遼東巡撫。為了搶時間筑關外防線，袁崇煥沒有請示朝廷，便派使與后金議和，皇太極也想先征服朝鮮，雙方便有了來往。為此袁崇煥受到彈劾，袁說明自己的意圖后，熹宗也就不再追究。天啟七年，皇太極征朝鮮歸來，隨即率大軍攻明，至錦州城下，苦攻14天不下，又至寧遠，袁崇煥令迎戰于城外。皇太極氣呼呼地說： “當初我父攻寧遠不下，而今我攻錦州不下，這樣的野戰還不取勝，怎能張揚我國威!” 兩軍皆殊死戰，城上明軍用大炮轟擊，一直打到第二天，雙方死傷慘重。皇太極又回攻錦州，仍攻不下，只得悻悻而歸。袁崇煥兩敗后金軍，敵人把他視為眼中釘。這時，袁崇煥卻遭到朝內閹黨的排擠，被迫辭職還鄉。崇禎帝即位后，又起用袁崇煥，賜給他尚方寶劍，將關外軍務交他處理。可袁崇煥不能忘記熊廷弼、孫承宗的前車之鑒，請求皇帝不聽信讒言，用臣不疑，崇禎站起來嚴肅地說： “你不要疑慮，朕自有主張。” 崇煥又說： “總之邊臣與朝臣不同，軍中可驚可疑的事很多，只當論成敗大局，不能指摘一言一行的小疵。邊臣責任既重，結怨必多，凡是有利于邊防的，都不利于邊臣自身，何況把敵人逼急了，還會施反間計。因此做邊臣實在難。” 皇帝仍耐心地勸慰。事實證明他的擔心并不是多余的。崇禎二年十月，皇太極率10萬大軍繞過寧錦防線，從蒙古繞道進關，西線軍備松弛，八旗兵順利進兵，直趨京師。袁崇煥急率兵入援，由于金軍所過不是其防區，他自以為有功無罪。然而京師突遭兵禍，一些人便造謠說是袁崇煥引敵入關，以強迫朝廷議和。皇太極又施反間計，多疑的皇帝果然中計，處死了袁崇煥。