北京失陷了，皇帝也死了，但是南方還有許多明軍，還有一個陪都南京，如果處理得當，也未必不能以長江為界重建明朝，南宋不就是個榜樣嗎? 然而這時的統治者比北宋末糟多了。閹黨馬士英、阮大鉞勾結四鎮總兵，擁立神宗的孫子、福王朱由崧，改元弘光。在這國難深重之時，大臣仍忙于黨爭，馬士英、阮大鉞編了一本叫 “蝗蝻錄” 的黑名單，殘酷迫害東林黨人。弘光帝躲在深宮，整日喝酒作樂，對國事不聞不問，宮中有一副對聯寫道： “萬事何如杯在手，百年幾見月當頭”，清朝拒絕了弘光政權的求和，興兵南下，而南明將領為了個人目的正互相殺得不可開交。弘光元年 (1645年) 五月，南京失陷，弘光帝被殺，這個政權前后只存在了1年。隨后，浙江的將官在紹興擁魯王朱以海監國，同時，唐王朱聿鍵在福州稱帝，建元隆武。兩個政權仍然非常腐敗。兩王相爭，鬧得勢同水火。不久，紹興陷落，魯王漂泊海上，最后投奔了鄭成功，老死在臺灣。隆武政權控制在福建的鄭氏家族手中，鄭芝龍手中還有幾十萬軍隊，但他既不想北上抗清，也不努力設防，只是忙于敲詐勒索，以后更暗中與清軍密約，出賣隆武帝，以換取自身的性命與財產。清順治三年 (1646年)，清軍進入福州，隆武帝被殺，鄭芝龍歸降。隆武政權歷時一年零三個月。 其后， 朱聿在廣州稱帝， 改元紹武; 同時朱由榔在廣東肇慶稱帝，改元永歷。紹武政權僅維持了40天，永歷政權在大西農民軍余部的支持下，前后維持了16年，一度收復西南大片土地，但很快就衰敗了，最后幾年躲進緬甸，在清軍壓境的情況下，緬王交出了永歷帝。南明王朝屢仆屢起，不成功是必然的，但漢族將士的倔強精神的確令人感動。