明中葉以來的內閣紛爭、朋黨相攻腐蝕了朝廷政治，使許多有抱負的政治家一事無成，鑒于歷史教訓，張居正不惜采取血腥鎮壓和政治陰謀的手段，將政權牢牢地把握在自己手中。他一人專權，便意味著其他朝臣的失勢; 實行考成法，使大批庸官失位或難以胡混; 改革驛站制、實行一條鞭法等，損害了一部分人的既得利益。于是，產生了不少對立面，他不得不耗費心機為鞏固相權而戰。萬歷四年正月，御史劉臺上疏彈劾張居正以權謀私。明朝200年來還未見過門生彈劾座主的，居正深以為恥，跪在御座前，流著淚請求辭職。神宗把他扶起來，說： “先生起，朕當責劉臺以謝先生?！?居正仍一再上疏以去職要挾，皇帝慰留，并口傳圣旨： “劉臺這廝，讒言亂政，著打一百充軍，擬票來行?！睘樵谇遄h方面掙些面子，居正上疏論救，使劉臺免廷杖，只除官為民，但以后仍通過親信以別的借口將他流放了。萬歷五年九月，張居正父親去世，按封建禮教，他必須回家守喪27個月。這時神宗才15歲，還離不了張先生，和太后商量后，決定不許他離職，這叫“奪情”，大學士奪情在前代也是有先例的。張居正也恐怕手中的權力一放，便不能再復回。上疏乞歸本是例行公事，這時正好順水推舟。此事傳出，許多朝官出于各種目的，或僅僅是為了維護綱常禮教，對張居正進行了圍攻，或集體勸他歸去，或寫信婉勸直諫，張居正置之不理，于是有四名官員向皇帝告狀，圣旨令廷杖上疏者。廷杖是很重的刑罰，許多人往往被活活打死。眾官又圍著居正，要他救此四人，這次居正無論如何不肯救了，四人被打得死去活來。倒張的運動暫時壓了下去，但張居正得罪了更多的官員，北京城內出現反張的傳單，一時滿城風雨。