明中葉以來，軍屯制度日益破壞，軍戶失去土地，士兵靠朝廷供養(yǎng)，軍費成為國家的沉重負擔(dān)。嚴(yán)嵩等貪官又大肆貪污軍費，軍隊的餉銀早上出于度支之門，晚上就到了奸臣之家，只有十分之四到達邊府，邊軍的將官又層層盤剝，士兵生活十分困苦。軍官勢家還常常役使虐待士卒，引起士兵的強烈不滿。此外，由于朝政的腐敗，軍官的無能，導(dǎo)致軍紀(jì)渙散，一些兵痞驕將很難管教。于是，兵變頻頻發(fā)生。嘉靖三年，大同兵卒叛亂。大同處于邊防前線，又無險可守，巡撫張文錦為加強邊防，在大同以北90里筑了五堡，準(zhǔn)備遷軍戶前往駐守。士兵認(rèn)為五堡離城太遠，敵軍來到，必然得不到救援，便聲稱寧死不去。張文錦嚴(yán)令速去，手下參將把隊長拖來打了一頓，激起士兵憤恨，便把張文錦及參將肢解殺掉，一時城中大亂。朝廷派蔡天祐為巡撫，他馬上宣布只辦首惡，脅從不問。但城內(nèi)士卒已成驚弓之鳥，相傳“必盡殺大同人”，又殺了知縣，燒民居數(shù)百間。因此朝廷命胡瓚領(lǐng)軍征討，軍未至，蔡天祐說服叛卒交出為首者，然后勸胡瓚等班師，人心安定后，蔡天祐殺了數(shù)百人，才勉強平定下來。嘉靖十二年，由于總兵李瑾虐待士兵，大同士兵再次反叛，殺了李瑾。起初從亂者僅六七十人，兵部侍郎劉源清力主武力鎮(zhèn)壓，并聲稱要重算上次兵變的老賬。劉源清的部隊斬關(guān)而入，大肆殺掠，城外橫尸遍野，于是逼使大同士兵更為堅決，關(guān)門抵御官軍。巡撫急馳而來，反復(fù)勸說，士兵們憤憤地說：“城外尸體塞道，還想騙我們嗎?”劉源清挖洞灌水，百計盡施，仍未能攻下大同城。第二年春，叛軍又勾結(jié)蒙古軍隊，明軍腹背受敵，朝野震動。朝廷無奈，罷劉源清，派人說降，士兵久已厭戰(zhàn)，聽說朝廷能寬恕，便交出為首者投降了。