1562－1594年法國發生的內戰，不僅是一次宗教戰爭，而且是一次爭奪政權的斗爭。內戰是兩個封建貴族集團利益沖突的必然結果。德國的宗教改革運動，在法國不同階層中引起不同反應。隨著法國專制制度的確立和發展，天主教已成為國教，國王，大貴族和大資產階級仍然堅持天主教，但城市中的市民階層和城市平民以及農村雇農等，都迫切要求宗教改革。隨著路德新教，特別是卡爾文教在法國的傳播，引起大封建貴族，在對待新教的態度上產生了利害沖突。法國北部和中部的大封建貴族堅持天主教，開始迫害新教徒·這一派的首領是軍隊統帥弗朗索瓦·介斯公爵和掌握內政大權的樞機主教洛林的查理·介斯。他們接近國王，在宮廷擁有很大權力。而法國南部的封建貴族，企圖利用卡爾文教同國王的專制主義相對抗，以恢復他們從前的獨立地位。他們都加入了卡爾文教派，這一教派的信徒稱為“雨格諾教徒”。這一派的首領是波旁的安蒂昂、康迪親王、那瓦爾的亨利以及海軍將領加斯帕爾·德·科里尼。兩個封建貴族集團的宗教劃分，只是一種外衣，而實際存在著根本的利害沖突。雙方的戰爭處于一觸即發之勢。1560年查理九世(1560－1574年)即位時年僅十五歲，由母后喀德林攝政。兩派貴族以中央宮廷為中心展開了爭權奪勢的斗爭。

1562年3月，介斯公爵對瓦西鎮雨格諾教徒的屠殺，成為戰爭爆發的導火線。宗教戰爭(史稱“雨格諾戰爭”)繼續三十多年，共發生十次大戰，可分為三個階段。1560－1572年為第一階段。雙方以把持國王奪取國家政權為核心展開了斗爭，雙方交戰軍隊中，都有相當一部分雇傭軍，前后交戰三次，互有勝負。1570年8月簽訂圣熱曼“和解敕令”，規定新教徒可以在全國范圍內作禮拜，可以擔任國家官職，最后保留四個要塞，由他們控制。這是雨格諾教徒所取得的最大勝利。1572－1576年為第二階段，雨格諾教徒控制國王的企圖失敗，打算在南部建立“國中之國”；介斯黨集團開始脫離國王而獨樹一幟。1572年8月，雨格諾教徒的領導人齊集巴黎，準備那瓦爾王亨利的婚禮。王后及其信徒密謀全部消滅這些雨格諾信徒。8月24日凌晨，亨利·介斯以巴黎各教堂鐘聲為號，率領武裝隊伍，屠殺雨格諾教徒兩千多人，包括科里尼在內，那瓦爾的亨利和康迪親王因答應改宗天主教而免于死。24日這一天是圣巴托羅繆節，因此這次屠殺史稱“圣巴托羅繆之夜”。許多外省也發生同樣的屠殺事件。繼圣巴托羅繆之夜以后，又發生了兩次戰斗。最終不得不準予新教徒在一切地方(巴黎和王宮地區除外)有信教的自由；在高等法院下有權建立自己的分院；除以前要塞外，另加八個要塞。雨格諾教徒加強要塞的防御，配備了兩萬人駐守，實為“國中之國”。1576－1594年為第三階段，1576年，介斯黨因國王亨利三世宣布，死后王位由那瓦爾的亨利繼承。致使介斯黨繼承王位的計劃落空，遂成立天主教聯盟，以奪取王位。亨利三世巧妙地利用聯盟的內部矛盾，依靠普通貴族和城市的支持，宣布自己為天主教聯盟的首腦，并改稱為“王家聯盟”，改變了聯盟的宗旨。1585年，亨利三世的兄弟安茹公爵法蘭西斯病死，那瓦爾亨利正式成為王位繼承人。介斯黨看到大勢已去，遂建立“巴黎聯盟”，積極策劃推翻國王。國王和亨利·介斯矛盾激化，雙方發生戰爭。1588年12月，國王亨利三世殺死亨利·介斯。巴黎城市的天主教徒拒絕服從國王，其他北部為天主教徒控制的城市也仿照巴黎方式實行自主。法國北部陷入分裂，亨利三世離開巴黎。那瓦爾的亨利率軍從南方逼近巴黎，于1589年4月與亨利三世會合，共同向巴黎進發。8月亨利三世遭刺客暗害而死。雨格諾派的領袖亨利·波旁成為合法的國王，而聯盟的天主教徒和巴黎貴族不愿承認一個新教徒為國王。亨利·介斯的弟弟召募新軍，繼續同雨格諾教徒作戰。西班牙也派軍隊到法國援助天主教徒。1590年，亨利四世進軍巴黎，受阻。亨利為擺脫困境，不顧雨格諾教徒的反對，決心改奉天主教。1593年7月，他宣布放棄新教信仰，重新皈依天主教。1594年3月他進入巴黎，成為全國公認的國王。為了平息雨格諾教徒的憤怒并結束長期的內戰，亨利四世經過一系列的磋商，終于1598年4月13日頒布南特敕令。敕令宣布天主教為法國國教，全國恢復天主教的禮拜，已沒收的土地和財產歸還天主教會。雨格諾教徒則獲得信仰和崇拜的自由，他們有權召集自己的宗教會議，在擔任國家官職上享受與天主教徒同等的權利。雨格諾派還保留一百多個堡塞，作為國王履行敕令的擔保。南特敕令實際上是交戰雙方妥協的和約，它標志著法國內戰的最后結束。由于它承認了新教的信仰自由，所以也是西歐第一個對異教寬容的法令。西班牙也于1598年5月和法國簽訂條約，退還干涉時期所占領的土地。由于內戰的結束，一度動搖的王權在十七世紀前期又重新得以確立。