清代學(xué)者朱彝尊的《日下舊聞》稱：“書院之設(shè)莫盛于元，設(shè)山長以主之，給廩餼〔xi戲〕以養(yǎng)之，幾遍天下。”據(jù)《文獻(xiàn)通考·學(xué)校考》記載，太極書院為元建書院之始，其后，興建書院蔚然成風(fēng)。據(jù)曹松葉《元代書院概況》統(tǒng)計(jì)，元代新建書院143所，興復(fù)原有書院65所，改建書院19所，合計(jì)227所。今人丁益吾先生查閱大量文獻(xiàn)資料，整理成《歷代書院名錄》，其中載元代計(jì)有書院296所，均注明為元代所建。這項(xiàng)統(tǒng)計(jì)是比較齊全的，但仍有遺漏。如：王旭為之作記的長蘆中和書院，為元初高伯川所建，即未收錄。考慮到宋代已有書院600余所，在元代大部分得以保存和復(fù)修，估計(jì)元代書院約近千所，真可謂“幾遍天下”了。

元代書院不僅數(shù)量大增，而且書院的地域分布與宋代相比，也有很大變化。元代書院仍以江南為最多，大部分集中在長江流域。按曹松葉《元代書院概況》統(tǒng)計(jì)，在總數(shù)227所書院中，152所在長江流域，占66。96%，仍居第一位；32所在珠江流域，占14。10%；43所在黃河流域，占18。94%。和宋代相比，珠江流域由第二位降為第三位，而黃河流域則由第三位升為第二位。特別是黃河以北地區(qū)的書院都是元代以后才興建的。這對(duì)于由元代開始的“南學(xué)北移”起了巨大的推動(dòng)作用。王旭在《中和書院記》中稱：“草創(chuàng)以來，國家以伐宋為事，未暇文治，今圣人在上，天下一家，書籍盛于中國，學(xué)校遍于四方，斯文其將復(fù)興乎！且書院一事，盛于南國，而北方未之有，今高君(伯川)營此，蓋將以為北方倡，而因以上迎乎天意，安知不有好事者隨而和之哉！他日擇形勝之地，盡規(guī)模之大，有如白鹿，如石鼓，如岳麓，稱于天下，名于后世，以惠學(xué)者于無窮。”充分肯定了元代書院改變了“盛于南國而北方未之有”的狀況，意義十分重大。

元代提倡私人出錢資、捐田畝建書院。元代不少書院是私人捐資獻(xiàn)田修建的。如：江西吉水張文先捐田興建白沙書院；新樂縣趙氏兄弟捐家資修建壁里書院；建寧路浦城縣甄西山之孫聯(lián)合族人捐私田建西山書院等。

元代政府對(duì)有些不愿在朝做官，退而講學(xué)，特別是捐私田建書院者，加以鼓勵(lì)，倍加褒獎(jiǎng)。如：千奴，乞致仕，退居濮〔pu仆〕上，于歷山之下，聚書萬卷，延名師教其鄉(xiāng)里子弟，出私田百畝以給養(yǎng)之，地方官奏明圣上，朝廷御賜歷山書院額，以示褒賞；段直，割田千畝，置書萬卷，聘名師，招四方來學(xué)者，朝廷特命嘉獎(jiǎng)；田希呂在天門山麓建講堂，成禮殿，備庖?guī)欤徑?jīng)書，添祭器，捐田200畝，作為書院膏火之用，朝廷賜名為天門書院。

當(dāng)然元代各級(jí)官府更加強(qiáng)由官方撥資興建或修復(fù)書院。元代以前的書院幾乎全由私人或民間創(chuàng)辦，朝廷或官府只是予以承認(rèn)，支持或部分資助，元代則由官府直接創(chuàng)辦或修復(fù)書院，據(jù)統(tǒng)計(jì)，元代官辦書院占書院總數(shù)的52。49%，超過了半數(shù)以上，其中有7。8%的書院是由朝廷直接主辦的，民辦書院只占總數(shù)的47。51%。實(shí)際上，即使是私人或民辦的書院，朝廷和各級(jí)官府也逐步加強(qiáng)了控制。從而造成了元代書院發(fā)展的一個(gè)最顯著的特點(diǎn)，就是書院逐步官學(xué)化。

元代書院官學(xué)化的重要體現(xiàn)或主要措施之一，就是官方加強(qiáng)對(duì)書院經(jīng)費(fèi)的管理和控制。元代各級(jí)官府增加經(jīng)費(fèi)直接興辦書院，為書院專撥學(xué)田，享受與各級(jí)官學(xué)同樣的官費(fèi)待遇；對(duì)經(jīng)費(fèi)困難的民間或私辦書院，也盡量給予經(jīng)費(fèi)上的資助；同時(shí)，對(duì)書院自籌經(jīng)費(fèi)和自營田產(chǎn)也加強(qiáng)管理和控制，明確規(guī)定：“路、府、州書院，設(shè)直學(xué)以掌錢谷。”這一措施，表明了官府對(duì)書院的重視，并且為書院的迅速發(fā)展提供了基本的物質(zhì)條件。當(dāng)然，這一措施也導(dǎo)致了書院在經(jīng)營管理上獨(dú)立自主地位的削弱，書院教育的特色日益淡薄。書院與官學(xué)相差無幾，僅有書院之名，而乏書院之實(shí)了。而且隨著書院數(shù)量大增，官府經(jīng)費(fèi)有限，時(shí)常出現(xiàn)書院經(jīng)費(fèi)難以為繼的困境。正如吳澄所言，許多書院“養(yǎng)之之費(fèi)，官雖總之，而不能盡塞其罅〔xia下〕漏，用匱則止矣。”官方經(jīng)費(fèi)不足，又無自籌經(jīng)費(fèi)的途徑和能力，不少書院名存實(shí)亡。

元代書院官學(xué)化的另一項(xiàng)重大措施，是由各級(jí)官府為書院委派山長，選任主講。有不少書院的山長、教授直接由各級(jí)官府官員兼任。即使是私人延聘的山長或教授，也要由官府認(rèn)可后才能授以學(xué)官之職，也同官學(xué)同等對(duì)待。這一措施，同樣表明了官府對(duì)書院的重視，有利于穩(wěn)定書院的管理和教學(xué)質(zhì)量，也有助于提高書院管理人員和教學(xué)人員的社會(huì)地位。這一措施的初期，確實(shí)對(duì)書院的發(fā)展起到某種積極作用。但是，它對(duì)書院發(fā)展也有消極作用，特別是到后期，其弊端更充分暴露，導(dǎo)致書院管理混亂，師資猥雜。元代學(xué)者虞集曾批評(píng)說：“今天下學(xué)官猥以資格授，強(qiáng)加之諸生之上”，“選用多不精，而稱職者寡”。元代學(xué)者程鉅夫也指出：“近年書院之設(shè)日加多，其弊日加甚，何也？徒知假寵于有司，不知為教之大，徒徇其名不求其實(shí)然耳。”吳澄更明確指出：“今日所在書院，鱗比櫛密，然教之之師，官實(shí)置之，而未嘗甚精于選擇”，其根本原因在于書院過多地“受官府之拘牽”，喪失了獨(dú)立自主的特點(diǎn)。