目前三峽庫區的水污染主要來自四方面：一是上游來水，特別是沱江來水水質惡劣;二是庫區沿岸城鎮的工業、生活污水，其中重慶市占70%～80%，重慶市每年產生的工業污水約為7～8億噸，處理率為60%～70%，生活污水約為2億噸，處理率不足4%;三是長江船舶所產生的垃圾、污水，據不完全統計，重慶以下、宜昌以上的長江江面有各類船舶2萬多艘，每年流入江中的潤滑油達3600噸，排入江中的生活污水約4萬噸，產生垃圾約37萬噸，旅客拋棄的塑料品數十萬件;四是沿江兩岸露天暴露的垃圾堆，僅重慶市便有400余處，該市日產垃圾約3萬噸。